Nhược điểm khi sử dụng các công cụ này đối với website lớn là khả năng xử lý dữ liệu lớn. Website lớn có thể gặp khó khăn khi quét và phân tích toàn bộ các liên kết nội bộ, đòi hỏi phần mềm mạnh mẽ hơn và có thể mất nhiều thời gian để xử lý.